Die Hauptaufgabe des Eigenbetriebs Abwasserbeseitigung ist es, das bei den Grundstückseigentümern anfallende Abwasser abzunehmen, zu sammeln, zu reinigen und schadlos abzuleiten. Das in der Kernstadt sowie in den Stadtteilen Aasen, Grüningen, Heidenhofen, Neudingen und Pfohren anfallende Abwasser wird bei der Verbandskläranlage des Gemeindeverwaltungsverbandes Donaueschingen und das Abwasser von den Stadtteilen Hubertshofen und Wolterdingen bei der Kläranlage Wolterdingen angeliefert. Darüber hinaus gehören die laufende Unterhaltung und Ausbau des Kanalnetzes inklusive Erschließung von Grundstücken zu den Aufgaben der Abwasserbeseitigung.
Der Eigenbetrieb kann sich aufgrund von Vereinbarungen dazu verpflichten auch Abwasser von außerhalb des Stadtgebiets gelegenen Grundstücken zu beseitigen.
Für die Abwasserbeseitigung erhebt der Eigenbetrieb Gebühren. Hierbei wird zwischen Schmutz- und Niederschlagswassergebühren unterschieden (gesplittete Abwassergebühr). Der Gebührenzeitraum ist das Kalenderjahr. Die Abwassergebühren werden als Vorauszahlungen in drei Abschlägen (jeweils zum 01.04., 01,07., 01.10.) erhoben und zum Schluss des Gebührenzeitraums (Stichtag 31.12.) abgerechnet. Bei der Abrechnung wird für das Schmutzwasser die Menge des verbrauchten Frischwassers und für das Niederschlagswasser die angegebene versiegelte Fläche zugrunde gelegt. Die Gebührenhöhe wird alle zwei Jahre unter Berücksichtigung aller angefallenen Kosten und vereinnahmten Gebühren neu kalkuliert.
Für die Jahre 2026 und 2027 wurden die Gebühren im Jahr 2025 ermittelt. Daraus ergab sich für das Jahr 2026 für das Schmutzwasser eine Gebühr in Höhe von 2,44 €/m³ und für das Niederschlagswasser eine Gebühr in Höhe von 0,54 €/m³. Für das Jahr 2027 ergab sich für das Schmutzwasser eine Gebühr in Höhe von 2,46 €/m³ und für das Niederschlagswasser eine Gebühr in Höhe von 0,54 €/m³.